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自然資源部第三海洋研究所（簡稱海洋三所）成立于1959年，是中華人民共和國自然資源部直屬的國家公益一類綜合型海洋科學研究機構，位于福建省廈門市。
研究所主要從事海洋基礎研究、應用研究和高新技術研究，重點發展深海生物研究與海洋生物資源開發利用、全球變化與區域海洋響應、海洋生物多樣性與生態系統保護、應用海洋學四個學科領域等研究方向；同時，研究所是國家海洋標準委員會生物資源開發與保護分技術委員會、中國海洋學會海洋生物資源專業委員會、中國海洋工程咨詢協會環境生態專業委員會、中國太平洋學會危險品與放射性評估分會、中國生態學會海洋生態專業委員會以及福建省海洋學會的依托單位。
根據2019年3月研究所官網顯示，自然資源部第三海洋研究所有編制505人；擁有10個研究部門及廈門海洋工程勘察設計研究院；有在讀碩、博士研究生160多人。
