南京大學生態學學科點長期致力于濕地生態、森林生態、鹽土生態、分子生態、生態工程、全球變化、城市生態、進化生態、景觀生態、草地生態、生物入侵等領域的科學研究，取得了國內外知名的研究成果，先后獲得了國家自然科學大會獎、國家科委、農業部、國家教委（教育部）、海洋局以及江蘇省政府的各種科技獎勵30余個。1995年以來，先后爭取到國家973項目課題、863水專項課題、海洋863項目，國家重點科技攻關計劃與科技支撐項目，國際合作，國家自然科學基金重大項目、重點項目，World Wild Fund for Nature(WWF)、Luce Foundation、科技部研究與開發專項基金、江蘇自然科學基金、農業部科技攻關計劃、江蘇重點農業攻關計劃、國際合作基金、教育部留學歸國人員基金、教育部優秀青年教師基金、教育部高等學校骨干教師資助計劃和地方合作等科研項目100余個，合同經費9000多萬元；目前主持的在研項目50多個，經費3750余萬元。發表科研論文500余篇、著作（教材）20余部；其中，《生態工程學》在2001年被教育部列為全國研究生教材，《生態學》于2007年成為國家精品課程。
