中國科學院南京地理與湖泊研究所坐落于古都南京玄武湖畔，前身為中國地理研究所，于1940年8月在重慶北碚建立，是中國地理學的搖籃。1988年1月改名為中國科學院南京地理與湖泊研究所。
南京地理與湖泊研究所是全國唯一以湖泊-流域系統為研究對象的綜合性研究機構，具有鮮明的學科和區域特色。瞄準學科國際前沿，圍繞生態文明建設等國家重大戰略需求，聚焦湖泊系統治理與流域綜合管理，發展以湖泊科學和流域地理學為核心的特色學科體系，在湖泊生態系統演化、湖泊環境治理、流域地理與可持續發展等方向取得了重要成果。
南京地理與湖泊研究所承擔的國家重大專項、國家重點研發計劃項目、科技基礎資源調查專項、第二次青藏科考專題、國家自然科學基金委創新研究群體及重點項目、中國科學院先導A類及重點部署項目課題共60余項，完成了一系列國家級區域發展規劃和地方重大生態環境治理項目。擁有湖泊與環境國家重點實驗室、中國科學院流域地理學重點實驗室、中國科學院湖泊環境治理與生態修復工程實驗室、國家級野外臺站等平臺。形成“基礎研究-技術研發-集成示范-管控政策”全鏈條科技創新體系和“國家重點實驗室-國家重點野外臺站-院重點實驗室-院工程實驗室”廣覆蓋的科技創新平臺，顯著提升解決湖泊-流域生態環境及可持續發展綜合性、復雜性和系統性問題的能力，在我國湖泊治理和區域協調發展方面發揮了不可替代作用。
經過80余年的發展，本所積累了豐富的研究成果和經驗，形成了一個既有堅實理論基礎、又能攻克學術難關的高層次人才群體。迄今已有200余項成果獲國家、部、省級獎勵，四個學科進入全球機構ESI學科排名前1%。逐步建成湖泊流域系統科學與技術的創新源頭，國際一流的湖泊-流域系統科學研究中心、流域生態保護與可持續發展的國家智庫、湖泊-流域領域高層次人才的培養基地，引領湖泊流域學科發展。
本所現有職工270余名，其中研究員50余名，副研究員和高級工程師80余名，博士生導師和碩士生導師均為50余名。擁有地理學博士后流動站，地理學、環境科學與工程2個一級學科博士培養點，自然地理學、人文地理學、地圖學與地理信息系統和環境科學4個博士學位授予點，以及自然地理學、人文地理學、地圖學與地理信息系統和環境科學4個碩士學位授予點，及資源與環境類別工程碩士全日制專業學位培養點，是培養湖泊學、區域地理學和環境科學高層次人才的重點單位之一。在2017年教育部第四輪學科評估中地理學、環境科學與工程獲評A+。
在辦學條件方面，作為一個有著80余年發展歷史的國家級研究所，本所在辦公條件，科研儀器設備，野外觀測手段，圖書情報資料，生活后勤等方面均形成了較強的保障體系，在科研經費上也具備了強大的實力，在生活上享有體系完備的助學金，保障研究生們順利完成學業。
中科院南京地理與湖泊研究所2023年擬招收自然地理學、人文地理學、地圖學與地理信息系統、環境科學4個專業的學術型碩士研究生，以及資源與環境類別（環境工程、城市與區域規劃2個研究方向）工程碩士專業學位研究生。招生目錄詳見附件。其中業務課科目均使用中國科學院大學統一命題，國科大招生信息網已發布《中國科學院大學2023年碩士研究生招生考試校統一命題科目考試大綱》： https://admission.ucas.ac.cn/info/KaoshiDagang/28257ae0-ef1c-4d1e-8823-5b1b557016e0 ，請自行查閱。
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