培養目標不同（專碩培養的是應用型人才，學碩培養的研究型人才）；培養方式不同（專碩和學術的課程設置有區別）；考試難度不同（學碩考試難度高一些）；招生專業不同（學碩的招生專業比專碩多）；調劑要求不同（學碩可以調劑到專碩，專碩不能調劑到學碩）。
培養目標不同：專碩也稱專業型碩士，培養的是應用型人才，能夠更好的用所學知識解決實際問題。學碩也稱學術型碩士，培養的研究型人才，能夠用所學的基礎知識進行科研。
培養方式不同：專碩和學術的課程設置也有區別。專碩設置的課程多為應用類課程，是問題解決型。學碩設置的課程多為基礎理論課程，是問題研究型。
考試難度不同：研究生入學考試一般為數學、英語和專業課知識。專碩的很多專業都不考數學，如果考數學也是比較簡單的數學二和數學三，英語考的也比較簡單。學碩考試難度高一些，英語考的是英語一，數學為數學一或數學三。
學費的高低不同。專碩的學費略高，一般都在一萬多以上，而且專碩的獎學金制度尚不明確。學碩的學費，碩士生一般為八千元，博士生為一萬元。
招生專業不同：專碩的招生專業比較少，比較有針對性。學碩的招生專業就比較多，基本上包含所有的專業，選擇性較多。
調劑要求不同：一般來說學碩可以調劑到專碩，但是專碩不能調劑到學碩。
